Однако неправославность нового царя была видна с первых же его шагов по московской земле. Во время торжественного входа в покоренную Москву, заглушая звон колоколов и молебное пение, гремел военный оркестр литовских музыкантов. По воспоминаниям современника, «сойдя с коня, самозванец крайне небрежно приложился к Владимирской иконе Божией Матери, а за ним, к ужасу москвичей, невеста самозванца и ее фрейлины прикладывались к иконе Богоматери, целуя Ее в уста!» Лжедмитрий позволял полякам входить в церкви с оружием, никогда не молился перед едой и не соблюдал постов, редко бывал на богослужениях и никогда не причащался Святых Таин, даже в такой торжественный день, как венчание на царство.
Однако миф о чудом спасшемся царевиче Дмитрии как о законном русском государе был очень силен. Целый год потребовался русским людям, чтобы окончательно убедиться в правоте изгнанного патриарха Иова и поднять восстание. Лжедмитрий был убит. Его голый труп несколько дней таскали по всему городу на издевательство толпе, а затем сожгли. Смешав пепел с порохом, восставшие выстрелили им из пушки в ту сторону, откуда пришел Лжедмитрий.
Вновь избранный народом царь Василий и собор русских епископов немедленно послали к сосланному Иову с просьбой вернуться на патриаршество. Однако тот по болезни и старости отказался, указав на кандидатуру митрополита Казанского Ермогена, одного из немногих, кто не принял самозванца. Но Иову все же пришлось нарушить свое уединение и приехать в столицу. Его вызвали царской грамотой «для великого государева и земского дела». Здесь в Кремлевском Успенском соборе при большом стечении народа было принесено перед ним всенародное покаяние. Иов стоял рядом с вновь избранным патриархом в простой иноческой одежде. Искреннее смирение этого от- шельника-патриарха, вызванного почти из гроба примирить Россию с Богом, еще более возвышали его в глазах окружающих и вызывали покаянные чувства. В глубокой тишине была прочитана покаянная грамота от имени русского народа первому российскому патриарху. Выслушав слова покаяния и прослезившись, Иов призвал на всех Божие милосердие и прочитал разрешительную молитву. Старец вернулся из Москвы в свое уединение, где и скончался в 1607 году.